A város mérete 891,85 km², 118 m a tengerszint feletti magassága.
A város központja a Spree folyó partján fekszik, az ún. Varsó-Berlin-ősfolyamvölgyben. A folyó kelet-nyugati irányban folyik át a városon, a belvárosban két ágra szakad és egy szigetet képez. Ezenkívül átszeli a várost a Landwehr-, a Lujza- és a berlin-spandaui hajózási csatorna, amelyeken több mint 50 híd ível át. Ezek közül a legszebb a 48 méteres Schlossbrücke (magyarul Várhíd). A hidat 1822-1824 között építették Schinkel tervező tervei alapján. A híd oldalát 4-4 katonai életet jelképező szoborcsoport ékesíti.  Ezenkívül érdekes híd még a Kurfürsz híd amit a nagy választófejedelem ércből öntött lovasszobra díszít. A Vilmos császár hídja, és a 4 márvány szoborcsoporttal díszített Belle-Allince híd és a Herkules híd.
  A város nyugati részén torkollik egymásba a Spree és a Havel, ahol a sziget bezárul. Ez a folyó aztán az Elba folyóba ömlik. Berlin területén, a folyó mentén utazva több tavat is látni, ezeket a Havel és a Spree folyó táplálja. A Havel folyó táplálja pl.: Großer Wannsee, Tegeler See.
 A Spree folyó pedig a Großer Müggelsee-t táplálja.   Berlin területén a nagy tavak mellett a kis tavak is helyet kapnak, amik nyáron igencsak közkedveltek. Ilyen pl.: a Krumme Lanke és a Schlachtensee. 
 Ám Berlinnek nem csak a mélyebben fekvő pontjai szépek. A város legmagasabb pontja a Großer Müggelberg, 115,4 méterrel. A Treptow-Köpenick városrészben található a Teufelsberg ami 114,7 méter. A Teufelsberg nem természetes domb, hanem a második világháború romjainak összehordásával keletkezett. Sokan Trümmerberg-nek, azaz Rom-hegynek mondják. Németországban szinte minden tartományban találhatóak ilyen jellegű háborús romhegyek.
 A sok hegynek és folyónak köszönhetően Berlin éghajlata nem éppen a melegebbekhez tartozik. Évi átlaghőmérséklete 8,9°C és átlagosan 581 mm csapadék hullik, hó és eső formájában. Ugyan ez az itthoni éghajlathoz képest soknak mondható, ez Németország területén kevés. 
A leghidegebb hónap a január, ahol -0,3°C és -0,6°C között ingadozik a hőmérséklet. A hideggel nem párosul sok csapadék, hiszen a februári Németország legszárazabb hónapja. Berlinben ilyenkor 33 mm az átlagcsapadék. Viszont a nyári melegben örülhetnek a 70 mm-es átlagcsapadéknak. Igen! Ez az év legcsapadékosabb hónapja, bármennyire is hihetetlen.