Berlin újraegyesítése után, ismét fővárosként csilloghatott. 1991. június 20- án Bundestag döntötte el hogy Berlin lesz a kormény és a parlament székhelye. Az új Reichstagban, az első ülésnap 1999- ben volt, folymatosan települtek át a kormányzati szervek, hivatalok Bonnból. Ez meglehetősen nehezítette az átköltöztetést.
Ma a szövetségi kormány,  Bundestag és a Bundesrat is itt intézi ügyeit. Ennek ellenére maradt néhány minisztérium Bonnban is. A minisztériumoknak, székhelytől függetlenül vannak kirendeltségei Berlinben és Bonnban egyaránt.
Berlin tartományt és várost a Berlini Szenátus irányítja, amit 8szenátor és a polgármester alkotnak. A városháza az építése óta az egykori keleti városrészben áll. Rotes Rathaus, azaz magyarul Vörös Városháza.A kettéosztáskor a városvezetés nuygaton a schönbergi városházán zajlott. Jelenleg Klaus Wowereit szociáldemokrata polgármester irányítja a várost. A közgyűléseken így alakulnak az erőviszonyok:

PSD 53 hely
CDU 37 hely
Die Linke 23 hely
Szövetség '90/Zöldek 23 hely
FDP 23 hely

Összesen 149 hely. A következő választás 2011 -re tervezik.